Infections respiratoires basses chez les enfants hospitalisés en Nouvelle-Calédonie: une étude pilote pour le projet de recherche sur l’étiologie de la pneumonie pour la santé des enfants

Nouvelle étude pilote en Nouvelle-Calédonie en préparation du projet PERCH sur la recherche sur la pneumonie pour la santé des enfants Les agents pathogènes associés aux infections des voies respiratoires inférieures hospitalisées chez les enfants ont été identifiés à l’aide d’une culture d’expectorations induites et de sang, antigène urinaire détection, réaction en chaîne par polymérase PCR sur échantillons respiratoires, et sérologie sur sérums appariés Des virus respiratoires ont été détectés sur des échantillons respiratoires par immunofluorescence et PCR, et par sérologie sur des sérums appariés Des pathogènes ont été détectés dans% des cas hospitalisés le virus syncytial et le rhinovirus étaient les plus fréquents, représentant respectivement% et% des agents pathogènes identifiés. Seul un pourcentage de spécimens d’expectorations induites collectés a été jugé de bonne qualité, ce qui peut être une conséquence de la méthode de collecte utilisée

Selon les estimations de l’Organisation mondiale de la santé, les maladies infectieuses et surtout la pneumonie sont les principales causes de décès chez les enfants de moins de dix-sept ans. Le diagnostic précis et rapide de l’étiologie des infections des voies respiratoires inférieures est particulièrement difficile chez les enfants. Les données épidémiologiques à ce jour sur les LRI sont donc essentielles pour déterminer l’antibiothérapie de première intention utilisable dans chaque pays et identifier les nouveaux agents pathogènes potentiels à cibler par les futurs vaccins , ce qui est l’objectif du PERCH Pneumonia Etiology Research for Child Health. projet Afin de recueillir des données pour la conception de l’étude PERCH, une étude pilote a été réalisée en Nouvelle-Calédonie. Peu de connaissances sur les agents pathogènes respiratoires responsables des LRI en Nouvelle-Calédonie La kinésithérapie thoracique est recommandée pour les nourrissons atteints de bronchiolite. soins et est également souvent utilisé chez les patients ayant des difficultés respiratoires dues à la pneumonie En plus d’être une procédure thérapeutique Récemment, il a été établi que l’analyse des expectorations induites pourrait être pertinente pour le diagnostic de la pneumonie acquise dans la communauté chez les enfants, et sera un spécimen clé recueilli pour PERCH . site pilote du projet PERCH, les objectifs de cette étude étaient d’évaluer la pertinence des expectorations induites pour le diagnostic étiologique des LRI chez les enfants et d’évaluer la pertinence des échantillons nasopharyngés prélevés sur des cas en les comparant à des échantillons prélevés chez des témoins

Méthodes

Description du site

La Nouvelle-Calédonie est un archipel français situé dans le Pacifique Sud avec une population d’habitants. Un quart de la population est âgée de moins de ans et la répartition ethnique dans ce groupe d’âge est la suivante:% mélanésiens,% européens, polynésiens% d’ethnie mixte%, indonésienne% et autres groupes ethniques% Cette population multiculturelle est principalement urbaine; % ont un mode de vie rural et% vivent dans des villages tribaux La Nouvelle-Calédonie a deux saisons marquées: une saison chaude et humide Décembre-Mars et une saison plus fraîche Juin-Septembre La population a un excellent accès au système de santé qui possède les normes européennes. la consultation médicale est parfois retardée pour les personnes vivant dans les villages tribaux et / ou pour ceux qui utilisent la médecine traditionnelle comme premier soin

Étudier le design

Il s’agit d’une étude cas-témoin réalisée à l’hôpital de Nouvelle-Calédonie Nouméa de janvier à janvier

Population de cas

Enfants hospitalisés mois-années admis avec LRI ie, pneumonie ou bronchiolite ont été inscrits prospectivement Les critères décrits dans le tableau ont été utilisés pour l’inscription des patients LRI a été classé comme non sévère ou sévère en utilisant les critères de l’OMS

Tableau Critères d’inscription pour les cas et les contrôles Critères d’inclusion Critères d’exclusion Âge Âge mois – ans & lt; mois ou & gt; ans Statut d’admission Hospitalisé Non hospitalisé ou la durée de l’hospitalisation avant l’inscription était & gt; heures Caractéristiques cliniques Pneumonie Toux avec tachypnée ou difficulté à respirer Maladie respiratoire chronique avec colonisation bactérienne des voies respiratoires bronchiectasie, fibrose kystique Pneumonie grave ou très grave Signes de pneumonie avec l’un des signes ou symptômes suivants: Abaissement de la paroi thoracique. Cyanose centrale Incapacité d’allaiter ou de boire Vomissements tout Convulsions, léthargie ou inconscience Céphalée de détresse respiratoire sévère Bronchiolite Respiration sifflante, résistante aux bronchodilatateurs à action rapide Hyperinflation thoracique avec résonance accrue aux percussions Abaissement de la paroi thoracique Fissures fines ou rhonchis à l’auscultation Difficulté à se nourrir, à allaiter ou à boire en raison d’une détresse respiratoire iolite Signes de bronchiolite accompagnés de l’un des signes ou symptômes suivants: Cyanose centrale Difficulté à allaiter ou à boire, ou à vomir tout Convulsions, léthargie ou inconscience Détresse respiratoire Inconvénients évidents de la respiration, difficulté à boire, à manger ou à parler Contrôle Âge Correspondre à un âge cas d’étude: Même âge numérique en années si le cas est & gt; année Même groupe d’âge – mois ou mois si le cas est & lt; année Statut d’admission Hospitalisation ou ambulatoire & gt; heures d’hospitalisation avant l’inscription Date d’inscription ≤ jours après le cas Éléments cliniques Enfants sans symptômes respiratoires Signes d’infection respiratoire toux, respiration sifflante Infection bactérienne invasive septicémie, méningite, ostéomyélite Asthme Critères d’inclusion Cas Age Mois – ans & lt; mois ou & gt; ans Statut d’admission Hospitalisé Non hospitalisé ou la durée de l’hospitalisation avant l’inscription était & gt; heures Caractéristiques cliniques Pneumonie Toux avec tachypnée ou difficulté à respirer Maladie respiratoire chronique avec colonisation bactérienne des voies respiratoires bronchiectasie, fibrose kystique Pneumonie grave ou très grave Signes de pneumonie avec l’un des signes ou symptômes suivants: Abaissement de la paroi thoracique. Cyanose centrale Incapacité d’allaiter ou de boire Vomissements tout Convulsions, léthargie ou inconscience Céphalée de détresse respiratoire sévère Bronchiolite Respiration sifflante, résistante aux bronchodilatateurs à action rapide Hyperinflation thoracique avec résonance accrue aux percussions Abaissement de la paroi thoracique Fissures fines ou rhonchis à l’auscultation Difficulté à se nourrir, à allaiter ou à boire en raison d’une détresse respiratoire iolite Signes de bronchiolite accompagnés de l’un des signes ou symptômes suivants: Cyanose centrale Difficulté à allaiter ou à boire, ou à vomir tout Convulsions, léthargie ou inconscience Détresse respiratoire Inconvénients évidents de la respiration, difficulté à boire, à manger ou à parler Contrôle Âge Correspondre à un âge cas d’étude: Même âge numérique en années si le cas est & gt; année Même groupe d’âge – mois ou mois si le cas est & lt; année Statut d’admission Hospitalisation ou ambulatoire & gt; heures d’hospitalisation avant l’inscription Date d’inscription ≤ jours après le cas Éléments cliniques Enfants sans symptômes respiratoires Signes d’infection respiratoire toux, respiration sifflante Infection bactérienne invasive septicémie, méningite, ostéomyélite Asthme taux respiratoire ≥ ≥ min chez les enfants de moins de un mois ≥ ≥ min chez les enfants entre et mois, ≥ / min chez les enfants entre et années, ≥ / min chez les enfants entre et années

Population témoin

Enfants mois-années de consultation à l’hôpital L’admission au service des urgences, l’hospitalisation, ou le rendez-vous dans le service de consultation externe sans symptômes respiratoires ont été vérifiés pour l’éligibilité correspondante avec les cas Tableau

Éthique

Le protocole a été approuvé par l’Institutional Review Board de l’école de santé publique Bloomberg de Johns Hopkins et les autorités sanitaires de France. Outre-Mer III et en Nouvelle-CalédonieSigné par écrit, le consentement parental éclairé a été obtenu avant l’inscription

Collecte de données et de spécimens

Lors de l’enrôlement, des questionnaires standardisés ont été utilisés pour enregistrer les données démographiques et épidémiologiques, les caractéristiques cliniques et radiologiques et les antécédents médicaux des cas et des témoins. Les cas ont été évalués après les heures et à la sortie de l’hôpital pour un suivi. confirmationLes échantillons ont été prélevés peu de temps après l’admission. Pour les cas, deux échantillons de voies respiratoires ont été prélevés: NPS nasopharyngien, NPA nasopharyngée ou NPFS rhinopharyngée si les parents ou les enfants ont refusé la NPA, et crachats induits. par un physiothérapeute de la poitrine qui a dégagé les voies respiratoires supérieures et a ensuite utilisé la technique d’exhalation accrue IET pour dégager les voies respiratoires distales, avec toux assistée AC pour faciliter le dégagement des voies respiratoires La compression manuelle du thorax d’un enfant utilisé dans IET vise à atteindre distale limitation du débit des voies respiratoires à un volume pulmonaire bas pour faciliter La clairance du NPA et des échantillons d’expectorations induites a été divisée en parties: une dans un flacon stérile pour culture bactérienne et une dans un milieu de transport viral VTM pour la détection virale NPFS Copan Diagnostics ont été placées dans un milieu STGG lait écrémé / tryptone / glucose / glycérol [ ] et VTMBlood a été recueilli pour culture, sérologie aiguë sérum et sérum convalescent – semaines après l’admission, détection de l’activité antibactérienne et mesure de la procalcitonine Urine prélevée pour la détection d’antigène urinaire Pour les contrôles, un échantillon respiratoire NPA ou NPFS si parents ou enfants refusés. et traitées comme décrit ci-dessus Des sérums aigus et convalescents ont également été collectés

Méthodes de diagnostic

Des tests ont été réalisés à l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie Nouméa, Nouvelle-Calédonie, sauf pour les tests sérologiques de détection de virus et de Chlamydophila pneumoniae, qui ont été réalisés à Canterbury Health Laboratories Christchurch, Nouvelle-Zélande

Tests de laboratoire microbiologique

Des tests microbiologiques ont été réalisés sur des échantillons respiratoires selon les critères SFM de la Société Française de Microbiologie Les échantillons d’expectorations induites étaient colorés à Gram et les leucocytes et les numérations cellulaires épithéliales étaient enregistrés. Seules les expectorations induites de bonne qualité & gt; les granulocytes et & lt; Les échantillons de crachats et de NPA induits ont été digérés par addition de% dithiothréitol Digest-EUR, Eurobio en quantité égale au volume de l’échantillon, qui a ensuite été cultivé à ° C sur gélose au sang avec de l’acide nalidixique, et sur agar chocolat Pour les expectorations induites, les cultures ont été comptées, les résultats exprimés en unités formant des colonies par millilitre CFU / mL et interprétées selon les normes SFM. Les NPFS étaient colorées au Gram et cultivées à ° C sur les mêmes milieux que les expectorations induites ou NPA. Le sang a été cultivé en utilisant le système BacT / ALERT D bioMérieux avec des flacons pédiatriques Des antigènes de sérogroupe Legionella pneumophila ont été détectés dans de l’urine non concentrée en utilisant un dosage immunochromatographique Binax NOW, Binax Inc

Détection d’immunofluorescence

Les cellules épithéliales ont ensuite été déposées sur des lames de microscope multipuits, fixées et colorées à l’aide d’un kit Monofluo Bio-Rad pour la détection des virus grippaux A et B, du virus Parainfluenza et des adénovirus. AdV; les cellules ont également été soumises à un Biorad Monofluo Screen pour la détection du virus respiratoire syncytial RSV

Extraction d’acide nucléique et analyse moléculaire des expectorations induites et des NPS

L’ADN et l’ADN contenus dans les expectorations induites et les NPS ont été extraits du VTM sur le système EasyMag. BioMérieuxLa PCR en temps réel a été réalisée sur les expectorations induites et NPS pour la détection parallèle de Chlamydophila pneumoniae et Mycoplasma pneumoniae et pour la détection de Bordetella pertussis , en utilisant le système de PCR en temps réel LightCycler Roche DiagnosticsUne procédure de détection pour les virus respiratoires virus influenza A, B et C, PIV, et, métapneumovirus humain [hMPV], RSV, coronavirus humains [hCoV] E, OC, NL, HKU et le coronavirus associé au syndrome respiratoire aigu sévère [SRAS-CoV], le rhinovirus humain [hRhV], le bocavirus humain [hBoV], l’AdV et l’entérovirus [EnV] ont été réalisés à la fois sur des expectorations induites et des NPS. protocole avec légères modifications

Sérologie

L’agglutination des particules Serodia MycoII, Fujirebio a été réalisée pour détecter les anticorps IgM anti-immunoglobulines M à Mycoplasma pneumoniae Nous avons utilisé des immunodosages ELISA Euroimmun pour détecter les anticorps contre les virus influenza A et B, AdV, RSV et PIV-, et immunofluorescence MRL Diagnostics, Cypress pour détecter les anticorps contre C pneumoniae

Détection de l’utilisation d’antibiotiques pré-hospitaliers

Le sérum aigu a été criblé pour l’activité antibactérienne afin de détecter l’utilisation d’antibiotiques préhospitaliers comme décrit ailleurs

Mesure de la procalcitonine

Les taux de procalcitonine ont été mesurés à l’aide du test Vidas BRAHMS PCT bioMérieux

Critères de détermination de l’infection microbienne

Dans la population de cas, l’infection virale a été confirmée par l’une de ces conditions: i la présence d’un virus respiratoire détecté à partir d’expectorations induites et / ou de NPS par immunofluorescence, PCR en temps réel ou RT-PCR multiplexe; Augmentation plus importante des titres d’anticorps réciproques à un virus respiratoire sur des échantillons sériques appariés L’infection bactérienne a été confirmée par l’une de ces conditions: présence d’un pathogène respiratoire habituel Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Moraxella catarrhalis cultivé dans le sang, présence d’un pathogène respiratoire habituel cultivé à partir d’expectorations induites de bonne qualité, iii un antigène urinaire testé positif pour L pneumophila, iv une PCR à partir d’expectorations induites ou NPS était positif pour M pneumoniae, C pneumoniae ou B pertussis, v la présence d’anticorps IgM réciproques des titres ≥ de M pneumoniae dans le sérum aigu et / ou de convalescence, et vi une séroconversion – hausse ou une hausse plus ou moins importante des titres d’anticorps réciproques à C pneumoniae Dans la population témoin, l’infection a été confirmée par l’une de ces conditions: i présence d’un pathogène respiratoire habituel détecté dans le NPS par culture, immunofluorescence, PCR ou RT-PCR multiplexe, ii séroconversion ou augmentation de des titres d’anticorps réciproques pour les virus respiratoires observés sur des échantillons sériques appariés, iii la présence de titres d’anticorps IgM réciproques ≥ pour M pneumoniae dans le sérum aigu et / ou convalescent, et iv une séroconversion – multiplication par plusieurs des titres réciproques d’anticorps contre C pneumoniae

Statistiques

Nous avons calculé les médianes et les intervalles interquartiles pour les variables continues et les nombres absolus et les proportions pour les variables catégoriques. Les comparaisons entre les groupes ont été effectuées à l’aide des tests t de Student ou du test de Wilcoxon pour les variables continues et du test du khi-carré. , le cas échéant Toutes les valeurs P déclarées ont été prises en compte, et P & lt; a été considéré comme significatif Un simple coefficient kappa a été calculé pour évaluer l’accord entre les échantillons d’expectorations induites et d’échantillons nasopharyngés. Les analyses statistiques ont été effectuées à l’aide de Stata StataCorp LP, College Station

RÉSULTATS

Les patients

Parmi les enfants hospitalisés avec LRI pendant la période d’étude,% ont été inclus dans l’étude bronchiolite et pneumonie Les autres n’ont pas été dépistés, non éligibles pour l’étude ou ont refusé de consentirLes caractéristiques des patients sont résumées dans Tableau Les pneumonies sévères et les bronchiolites étaient plus jeunes et plus susceptibles de ne pas vivre dans les villages tribaux n = vs n =; P = Les patients mélanésiens étaient surreprésentés dans l’étude par rapport à la population générale de la Nouvelle-Calédonie% vs%, P & lt; Il n’y avait pas d’association significative entre le groupe ethnique et la gravité LRI Aucun des patients est décédé

Tableau Principales caractéristiques des cas hospitalisés avec une infection respiratoire basse en Nouvelle-Calédonie et des témoins appariés Tous les cas Cas et témoins appariés Caractéristiques LRI n = Bronchiolite n = Pneumonie n = Pa Cas n = Contrôles n = Pb Age en moisc, intervalle moyen – – – & lt ; – – Groupe d’âge en mois n = n = n = & lt; n = n = -%%%%% -%%%%% ≥%%%%% NA Sexe masculin%%%% Enfants diagnostiqués avec une infection sévère%%%% NA NA PCT level, ng / mL, médiane IQR d NA NA Ethnicité n = n = n = n = n = Mélanésien%%%%% Européen%%%%% Polynésien Wallisien ou Tahitien%%%%% Peuple d’ethnie mixte%%%%% indonésien %%%%% Mode de vie n = n = n = n = n = Urbain%%%%% Rural%%%%% La vie dans un village tribal /% /% /% /% /% Antécédents médicaux n = n = n = n = n = Asthme%%%%% Prématurité%%%%% Autres%%%%% Tabagisme passif /% /% /% /% /% Nombre d’enfants vivant sous le même toit n = n = n = n = n =%%%%%%%%%%%%%% % ≥%%%%% Vaccinations chez les enfants âgés de n = n = n = n = n = enfants recevant des doses de PCV%%%%% Enfants ayant reçu des doses de vaccin Hib%%%%% Vaccinations chez les enfants âgés de – y n = n = n = n = n = Enfants ayant reçu des doses de PCV%%%%% Enfants ayant reçu des doses de vaccin anti-Hib%%%%% Spécimens collectés Sérum aigu /% /% /% /% /% Sérum convalescent / % /% /% /% /% NPA / NPFS /% /% /% /% /% IS /% /% /% /% NA NA Bonne qualité IS /% /% /% /% NA NA Culture sanguine /% /% /% /% NA NA Urine /% /% /% /% NA NA Tous les cas Cas et témoins appariés Caractéristiques IRL n = Bronchiolite n = Pneumonie n = Pa Cas n = Contrôles n = Pb Age en moisc, intervalle moyen – – – & lt; – – Groupe d’âge en mois n = n = n = & lt; n = n = -%%%%% -%%%%% ≥%%%%% NA Sexe masculin%%%% Enfants diagnostiqués avec une infection sévère%%%% NA NA PCT level, ng / mL, médiane IQR d NA NA Ethnicité n = n = n = n = n = Mélanésien%%%%% Européen%%%%% Polynésien Wallisien ou Tahitien%%%%% Peuple d’ethnie mixte%%%%% indonésien %%%%% Mode de vie n = n = n = n = n = Urbain%%%%% Rural%%%%% Vie dans un village tribal /% /% /% /% /% Antécédents médicaux n = n = n = n = n = Asthme%%%%% Prématurité%%%%% Autres%%%%% Tabagisme passif /% /% /% /% /% Nombre d’enfants vivant sous le même toit n = n = n = n = n =%%%%%%%%%%%%%% % ≥%%%%% Vaccinations chez les enfants âgés de n = n = n = n = n = enfants recevant des doses de PCV%%%%% Enfants ayant reçu des doses de vaccin Hib%%%%% Vaccinations chez les enfants âgés de – y n = n = n = n = n = Enfants ayant reçu des doses de PCV%%%%% Enfants ayant reçu des doses de vaccin anti-Hib%%%%% Spécimens collectés Sérum aigu /% /% /% /% /% Sérum convalescent / % /% /% /% /% NPA / NPFS /% /% /% /% /% IS /% /% /% /% NA NA Bonne qualité IS /% /% /% /% NA NA Culture sanguine /% /% /% /% NA NA Urine /% /% /% /% NA NA Les données ne sont pas% des patients, sauf indication contraireAbbreviations: LRI, lower infection respiratoire; IQR, intervalle interquartile; NA, sans objet, VPC, vaccin conjugué contre le pneumocoque valide; Hib, Haemophilus influenzae de type b; NPA, aspiration naso-pharyngée, NPFS, écouvillonnage naso-pharyngé; IS, induite SputumaP valeur χ ou test exact de Fisher est donné pour la comparaison entre bronchiolite et pneumoniabP valeur Le test exact de Fisher est donné pour la comparaison entre bronchiolitis et pneumoniac L’âge médian des patients était modWilcoxon testView Large expectoration induite a été obtenue de% cas, dont% aussi Vingt-six pour cent des échantillons d’expectoration induite étaient de bonne qualité et avaient un NPS correspondant Les patients ont été testés pour la présence d’antibiotiques dans le corps avant l’admission à l’hôpital dans% des cas, et l’activité antibactérienne a été trouvée dans le sérum%

Détection de pathogènes

Parmi les cas enregistrés, un pathogène a été détecté en%. Le rendement était plus élevé dans les cas de bronchiolite que dans les cas de pneumonie% vs%, P = un pathogène viral a été trouvé dans% cas et un pathogène bactérien dans% infections bactériennes Tableau La plupart des bactéries ont été détectées par culture de sang testée positive pour M catarrhalis et des cultures d’échantillons d’expectorations induites de bonne qualité testées positives pour diverses bactéries, détectées par sérologie et par PCR Aucun échantillon urinaire testé positif pour L pneumophila sérogroupe

Pathogènes de table détectés chez les enfants hospitalisés avec Infections Respiratoires Inférieures Tous les cas Cas et contrôles appariés Pathogènes IRL n = Bronchiolite n = Pneumonie n = Cas n = Témoin n = Pa Tous les pathogènes%%%%% Bactéries%%%%% Mycoplasma pneumoniae%% %%% Moraxella catarrhalis%%%%% Haemophilus influenzae%%%%% Chlamydophila pneumoniae%%%%% NA Streptococcus pneumoniae%%%%% Staphylococcus aureus%%%%% Virus%%%%% Virus respiratoire syncytial%% %%% Rhinovirus%%%%% Métapneumovirus humain%%%%% Entérovirus%%%%% Virus Influenza B%%%%% NA Virus Influenza C%%%%% NA Adénovirus%%%%% Type de virus parainfluenza%%%%% Type de virus parainfluenza%%%% NA Type de virus parainfluenza%%%% NA Coronavirus OC%%%%% NA Coronavirus NL%%%%% NA Bocavirus% %%%% NA Patients avec agent pathogène détecté /% /% /% /% /% Patients avec pathogènes détectés /% /% /% /% /% Patients avec ≥ pathogènes détectés /% /% /% /% /% Tous les cas Cas et témoins appariés Pathogènes IRL n = Bronchiolite n = Pneumonie n = Cas n = Témoin n = Pa Tout pathogène%%%%% Bactérie%%%%% Mycoplasma pneumoniae%%%%% Moraxella catarrhalis%%%%% Haemophilus influenzae %%%%% Chlamydophila pneumoniae%%%%% NA Streptococcus pneumoniae%%%%% Staphylococcus aureus%%%%% Virus%%%%% Virus respiratoire syncytial%%%%% Rhinovirus%%%%% Métapneumovirus humain%%%%% Entérovirus%%%%% Virus Influenza B %%%%% NA Virus de l’influenza C%%%%% NA Adénovirus%%%%% Type de virus parainfluenza%%%%% Type de virus parainfluenza%%%% NA Type de virus parainfluenza%%%%% NA Coronavirus OC% %%%% NA Coronavirus NL%%%%% NA Bocavirus%%%%% NA Patients avec agent pathogène détecté /% /% /% /% /% Patients avec agents pathogènes détectés /% /% /% /% /% Patients avec ≥ pathog ens détecté /% /% /% /% /% Abréviations: LRI, infection des voies respiratoires inférieures; NA, valeur non applicable La valeur exacte du test de Fisher est donnée pour la comparaison entre les cas appariés et les témoins. Pour les cas: pathogènes détectés dans les échantillons nasopharyngés, les expectorations induites, le sang ou l’urine; pour les contrôles: les agents pathogènes détectés dans les échantillons nasopharyngés ou BloodView Large

Figure Vue largeDownload slideDistribution des infections des voies respiratoires inférieures chez les enfants hospitalisés en Nouvelle-Calédonie Distribution parmi les cas d’infections des voies respiratoires inférieures, ii cas de pneumonie iii cas de bronchiolite Abréviations: B, Infections bactériennes; V, infection virale; B V, infection bactérienne et virale mixte; NE, aucun agent pathogène détecté; Un pathogène unique, un virus ou une bactérie dans les catégories V ou B respectivement; Répartition des infections des voies respiratoires inférieures chez les enfants hospitalisés en Nouvelle-Calédonie Distribution parmi les cas d’infections des voies respiratoires inférieures, ii cas de pneumonie iii cas de bronchiolite Abréviations : B, Infections bactériennes; V, infection virale; B V, infection bactérienne et virale mixte; NE, aucun agent pathogène détecté; Un pathogène unique, un virus ou une bactérie dans les catégories V ou B respectivement; Plusieurs agents pathogènes de même nature, plusieurs virus ou bactéries dans les catégories V ou B, respectivement pour les virus, ont été détectés par immunofluorescence, par PCR et par sérologie. Des virus et des bactéries pathogènes ont été détectés sur des échantillons d’expectorations induites par PCR. Les deux virus les plus fréquemment détectés, RSV et hRhV, sont représentés sur la figure. L’incidence de LRI, en particulier la bronchiolite, était plus élevée de mars à juin et était associée à la distribution saisonnière du VRS. septembre

Vue en grandDiffuse de distribution du virus respiratoire syncytial RSV et rhinovirus humain hRhV chez les enfants néo-calédoniens hospitalisés avec infections des voies respiratoires inférieuresFigure View largeTélécharger diapositives Distribution saisonnière du virus respiratoire syncytial RSV et rhinovirus humain hRhV chez les enfants néo-calédoniens hospitalisés pour infections des voies respiratoires inférieures

Résultats dans les contrôles

Pour chaque cas, nous voulions inscrire un contrôle, adapté à l’âge et à la date d’admission. L’inscription au contrôle s’est avérée difficile en raison de la difficulté d’obtenir le consentement éclairé des enfants sans LRI et la nouveauté de la recherche dans ce service pédiatrique. Les bactéries ont été détectées dans% des contrôles, les virus dans% et les bactéries et les virus dans les% Cultures de NPS ont donné des bactéries dans les contrôles Nous avons détecté des virus dans les contrôles par PCR, par sérologie, par PCR et immunofluorescence

Comparaison des résultats obtenus dans les échantillons d’expectorations induites et d’échantillons nasopharyngés induits

Pour les virus communément trouvés RSV et hRhV, l’accord entre les expectorations induites et les échantillons NPS était élevé kappa & gt; ; Table ; les nombres étaient trop petits pour une détermination fiable de l’accord pour d’autres virus détectés, mais l’accord pour tout virus détecté était élevé. Pour les bactéries, l’accord entre les échantillons était inférieur lorsque tous les expectorations induites étaient comparées quelle que soit la qualité kappa pathogène, et aussi lorsque des sous-ensembles de paires constitués d’échantillons d’expectorations induites de bonne qualité kappa = ont été comparés

Pathogènes de table détectés dans des prélèvements d’expectorations et d’échantillons nasopharyngés induits par paire Pathogène Trouvé dans: Espèces pathogènes Uniquement spécimen nasopharyngien Spécimen d’expectoration induite et spécimen nasopharyngien Coefficient simple de Kappa CI% Bactéries Streptococcus pneumoniae – Haemophilus influenzae – Moraxella catarrhalis NI NI Staphylococcus aureus NI NI NI Proteus mirabilis Ni NI Pseudomonas aeruginosa Ni NI Mycoplasma pneumoniae Ni NI Chlamydophila pneumoniae Ni NI Total – Bactériose Streptococcus pneumoniae – Haemophilus influenzae – Moraxella catarrhalis NI NI Total – Virus Virus respiratoire syncytial – Rhinovirus – Métapneumovirus humain – Bocavi humain rus – Entérovirus – Virus de l’influenza NI NI Coronavirus NI NI Adénovirus – Type de virus parainfluenza NI NI Type de virus parainfluenza – Type de virus parainfluenza NI NI Total – Pathogène Présent dans: Espèces pathogènes Uniquement spécimen nasopharyngien Spécimen d’expectoration induit et nasopharyngien Simple Coefficient Kappa CI% Bactéries Streptococcus pneumoniae – Haemophilus influenzae – Moraxella catarrhalis NI NI Staphylococcus aureus NI NI Escherichia coli NI NI Proteus mirabilis Ni NI Klebsiella oxytoca NI NI Pseudomonas aeruginosa NI NI Bordetella spp NI NI Mycoplasma pneumoniae NI NI Chlamydophila pneumoniae NI NI Total – Bactériose Streptococcus pneumoniae – Haemophilus influenzae – catarrhe de Moraxella alis NI NI Total – Virus Virus respiratoire syncytial – Rhinovirus – Métapneumovirus humain – Virus humain – Entérovirus – Virus de l’influenza NI NI Coronavirus NI NI Adénovirus – Virus parainfluenza de type NI NI Parainfluenza virus – Parainfluenza virus NI NI Total – Abréviations: NI, non informatif; CI%,% intervalle de confianceaLes résultats sont donnés pour tous les spécimens d’expectorations induites appariés et pour les échantillons nasopharyngiens n =, quelle que soit la qualité du sputum induit. Les résultats sont donnés pour des échantillons d’expectoration induite de bonne qualité correspondant aux spécimens nasopharyngiens.

DISCUSSION

Dans l’étude PERCH, les expectorations seront recueillies par la méthode de nébulisation saline hypertonique utilisée dans l’étude pilote et la formation au Kenya. L’accord global entre les échantillons d’expectorations induites et de NPS provenant des mêmes patients était élevé pour les pathogènes viraux Cependant, près d’un tiers des témoins sans infection respiratoire avaient au moins un virus présent dans les voies respiratoires supérieures, suggérant que la présence d’un virus dans le NPS pourrait ne pas être suffisante pour attribuer l’étiologie Même pour le RSV, la différence de prévalence virale entre les cas et les témoins n’était pas statistiquement significative. détectée était petite Sept virus ont été trouvés seulement dans les expectorations induites, Dans certains cas, l’analyse des expectorations induites pourrait être utile pour la détection virale. Les cultures de crachats induits de bonne qualité ne donnaient que des bactéries de différentes espèces S pneumoniae, H influenzae, M catarrhalis; On notera que toutes ces bactéries sont également impliquées dans la colonisation nasopharyngée chez des enfants en bonne santé et chez des enfants atteints d’infections des voies respiratoires supérieures , comme l’a confirmé notre étude par colonisation bactérienne chez% des témoins Le fait que la bactérie isolées des expectorations induites ont également été cultivées à partir du NPS apparié indique que nous ne pouvons pas exclure la possibilité de contamination par les sécrétions respiratoires supérieures. Il serait donc intéressant de déterminer si un pathogène isolé d’un échantillon d’expectoration induite de bonne qualité est plus susceptible d’être responsable Pour progresser dans l’interprétation des résultats d’échantillons appariés d’expectorations induites et de NPS, une comparaison avec une méthode d’étalon-or, par exemple, une aspiration à l’aiguille transthoracique est nécessaire. La charge de chaque site peut aider à distinguer la colonisation de l’infection. Bien que nous ayons mis l’accent sur les limites de la détection des pathogènes pour attribuer un diagnostic étiologique, nos résultats peuvent néanmoins refléter une réelle prédominance des virus parmi les cas d’IRI hospitalisés croûtes de lait. Dans d’autres contextes avec de bons soins primaires, H H influenzae type H Hib et pneumococcique. la vaccination et l’accès aux antibiotiques, la plupart des maladies respiratoires pédiatriques d’origine bactérienne seront prévenues ou traitées en ambulatoire et ne nécessiteront jamais d’hospitalisation. Dans un essai de vaccin anti-Hib à Lombok, en Indonésie, qui a utilisé une surveillance active pour identifier les enfants malades à la maison. les traiter dans les cliniques villageoises au début de la maladie, le vaccin n’a montré aucun effet protecteur contre les IRI hospitalisés, suggérant que le traitement précoce des cas Hib empêchait la progression vers une maladie grave Des résultats similaires ont été observés pour la protection contre les infections respiratoires aiguës par conjugué pneumococcique. vaccin dans un essai chez les Amérindiens K O’Bri fr, communication personnelle Ensemble, ces résultats indiquent que les virus causent la majorité des cas graves et hospitalisés de LRI dans des endroits avec un bon accès au traitement antibiotique ambulatoire et soutiennent les conclusions étiologiques de notre étude. Sur ce point, notre étude diffère probablement de la L’étude PERCH prévoit un diagnostic de bronchiolite plutôt qu’une pneumonie sévère. L’étude PERCH enregistrera les cas hospitalisés de pneumonie sévère et très grave tels que définis par l’OMS. Cette définition n’étant pas spécifique, elle permettra de détecter certains cas de bronchiolite. ainsi que la pneumonie L’étude PERCH tentera d’exclure les enfants atteints de bronchiolite en donnant aux enfants un défi bronchodilatateur Les enfants avec une paroi thoracique inférieure induite qui résout avec cette thérapie, indépendamment de son effet sur la respiration sifflante, seront considérés comme susceptibles d’avoir une bronchiolite, et seront exclus de l’étude PERCH principale En conclusion, les taux élevés de La détection bactérienne est restée difficile et l’analyse des expectorations induites a été entravée par des difficultés à obtenir des échantillons de bonne qualité, ce qui peut être une conséquence de la méthode de collecte. Cette étude pilote nous a permis d’améliorer la conception de l’étude PERCH multi-site sur les points suivants: i en insistant sur l’importance de la bonne et de la non-toxicité. la technique de prélèvement des expectorations induites à l’aide d’une méthode indiquée pour produire des spécimens de haute qualité ii mettant en évidence les obstacles potentiels au contrôle de l’inscription

Remarques

Remerciements

Nous remercions le Pôle Intégré de Recherche Institut Pasteur, Allan Massie, le Dr Paul Martin, Laeticia Faust, le Dr Yann Barguil, le Dr Elisabeth Lhote, le personnel médical et technique de l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie pour son aide et son personnel sérologique de Canterbury Health Laboratories

Supplément de parrainage

Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé «Pneumonia Etiology Research for Child Health», parrainé par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au projet PERCH de l’école de santé publique Johns Hopkins Bloomberg, Baltimore, Maryland

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués