Signification clinique de Staphylococcus lugdunensis isolé des cultures de routine

Au cours de l’année, des isolats de Staphylococcus lugdunensis, identifiés par des tests phénotypiques et génotypiques, ont été récupérés à partir d’échantillons cliniques. Trente-six pour cent étaient des agents pathogènes cliniquement significatifs, la plupart provenant de patients externes en bonne santé; % de ont été isolés en culture pure; et% d’entre eux provenaient d’infections de la peau et des tissus mous

Les concentrations inhibitrices minimales pour divers agents antimicrobiens ont été déterminées avec le système VITEK avec l’utilisation de la carte GPS bioMérieux; L’identification de laboratoire a été vérifiée par amplification de la réaction en chaîne de la polymérase et analyse de la séquence de l’ADN ribosomique S rDNA et rpoB En outre, sodA a amplifié la réaction en chaîne de la polymérase en utilisant des amplificateurs de Staphylococcus aureus. amorces sodaF ‘-AATGGAAATCCATCATGATAAACA-‘ et sodaR ‘-TAGGTGTTTTTCCTTCAGTTAATGG-‘, tous deux conçus pour cette étude sur la base du numéro d’accès GenBank AJ S lugdunensis gène partiel pour souche sodA NEM, avec analyse de séquence subséquente électrophorèse en champ pulsé a été réalisée et interprétée pour isolats de S lugdunensis selon la technique de Bannerman et al La capacité à former des biofilms a été mesurée comme décrit ailleurs Deux observateurs indépendants ont ensuite lu les puits colorés et ont évalué le biofilm comme faible, moyen ou fort, comparé aux suivants Contrôles de test: S a urée MNM forte, Staphylococcus epidermidis milieu RPA, S aureus MNMΔica faible, ou TSB négatifUne revue rétrospective des dossiers patients a été réalisée pour tous les patients dont les échantillons cliniques ont donné des isolats de S lugdunensis. La signification clinique des isolats de S lugdunensis a été déterminée par la présentation clinique du patient. Résultats de la coloration de Gram Les graphiques ont été examinés pour les données démographiques, la présentation clinique, le site d’infection, les comorbidités, les infections documentées précédemment, l’utilisation d’antimicrobiens antérieurs et la réponse au traitement. L’étude a été examinée par le comité d’examen institutionnel. Les isolats de S lugdunensis ont été identifiés à partir de liquides corporels stériles et de plaies, représentant% de tous les isolats de CoNS de tous les isolats, produisant un pigment blanc brillant, et% de méthodes β-hémolytiques basées sur des séquences donnant% identité hits à l’utilisation de recherches BLAST http: // www, ncbinlmnihgov / BLAST t o leur entrée GenBank respective comme suit: S lugdunensis S gène ARNr numéro d’accès GenBank EF; S lugdunensis S souche ADN séquence partielle G – a, sodA GenBank numéro d’accès AJ; Le gène partiel de S lugdunensis pour la soude, la souche NEM, et le numéro d’accès rpoB GenBank AF; Pour l’ADNr de S, les espèces suivantes après S lugdunensis étaient des espèces de Staphylococcus non cultivées avec un différentiel de% Le différentiel pour Sod A et rpoB était de% et jusqu’à%, respectivement, avec l’espèce alternative la plus proche étant Staphylococcus hominis et Staphylococcus haemolyticus dans les deux cas; Ainsi, les tests génotypiques ont confirmé l’exactitude du criblage phénotypique pour l’identification de S lugdunensis. Tous les isolats étaient sensibles à la gentamicine, à la lévofloxacine, au linézolide, à la dalfopristine / quinupristine, à la rifampine, au triméthoprime / sulfaméthoxazole, et vancomycine Trois% des isolats étaient résistants à l’érythromycine, tandis que% étaient résistants à la clindamycine Seul l’isolat% était résistant à l’oxacilline; La présence du gène mecA a été confirmée par une réaction en chaîne par polymérase Seize% des isolats étaient résistants à la pénicilline et à l’ampicilline, et seul l’isolat était résistant à la céfazoline des isolats de S lugdunensis analysés par électrophorèse en champ pulsé, groupés en un groupe d’isolements indifférenciables ou étroitement apparentés Aucun de ces isolats groupés n’était temporairement ou géographiquement lié aux autres Parmi les isolats restants, il y avait plusieurs petits groupes d’isolats, mais ils avaient peu de similarité entre eux ou le groupe d’électrophorèse en gel à champ pulsé plus grand d’isolats Il n’y avait aucune association parmi les isolats groupés avec le type ou la sévérité de la maladie clinique La quantité de biofilm formée a beaucoup varié parmi les isolats dans cette étude. Néanmoins, tous les isolats ont pu former au moins un biofilm [%] faible, alors que% et% étaient des formateurs de biofilm moyens et lourds, respectivement. Les résultats cliniques sont résumés dans T Deux isolats sanguins ont été obtenus, mais il est peu probable qu’ils soient cliniquement significatifs compte tenu de la présentation clinique typhoïde. En raison de dossiers patients incomplets, la signification clinique des isolats cutanés superficiels était difficile à délimiter. , ces isolats ont été exclus des analyses ultérieures Parmi les isolats cliniquement significatifs de S lugdunensis, la majorité ont été obtenus en ambulatoire [%] des isolats. Plus de% des cas sont survenus chez des patients âgés de – [%] ans. la distribution était presque égale De noter, de nombreux patients n’avaient aucune maladie comorbide sous-jacente [%] de; % d’entre eux ont subi une chirurgie récente ou un traumatisme

Tableau View largeTélécharger slideCaractéristiques d’isolats de Staphylococcus lugdunensis cliniquement significatifsTable View largeTélécharger la lameCaractéristiques des isolats de Staphylococcus lugdunensis cliniquement significatifsLes infections des tissus mous, en particulier les abcès cutanés, étaient le type de présentation clinique le plus courant de presque toutes les régions du corps. mais les sites opératoires des membres inférieurs postopératoires et du sein étaient les plus courants Près de la moitié des échantillons cliniques donnaient S lugdunensis en culture pure [%] des infections polymicrobiennes impliquant typiquement d’autres organismes commensaux cutanés Aucune infection documentée antérieure n’a été notée chez la majorité des patients. [%] de Discussion La plupart des rapports de S lugdunensis ont consisté en rapports de cas uniques ou en petites séries se concentrant sur des infections cliniques agressives. Dans notre étude, S lugdunensis représentait% de CoNS isolé à partir de fluides corporels stériles et de plaies. fre Les isolats bactériens ont été identifiés phénotypiquement et génotypiquement avec une excellente corrélation des isolats de S lugdunensis analysés pour la relation de la souche par électrophorèse en champ pulsé,% d’isolats regroupés en un groupe d’isolats de S. lugdunensis. Isolats hautement apparentés L’absence de lien évident entre ces patients selon le moment de l’isolement ou le lieu de résidence suggère qu’il existe un degré élevé de parenté génétique. Des données similaires suggèrent qu’un faible degré de diversité génétique a été présenté dans d’autres études . nos isolats étaient capables de former au moins un biofilm faible, la quantité de biofilm formé par les isolats était hétérogène avec une faible corrélation entre la sévérité clinique de la maladie et le degré de formation du biofilmBien que S lugdunensis reste très sensible à la majorité des agents antimicrobiens, cette étude suggère que la résistance aux antibiotiques évolue Seulement% des isolats testés étaient sensibles à tous les antibiotiques Ces données diffèrent d’une autre étude dans laquelle la majorité des isolats [%] étaient pansusceptibles Un seul isolat, résistant à la clindamycine, céfazoline et oxacilline concentration inhibitrice minimale, & gt; mg / mL, a été trouvé pour avoir le gène mecA Dans notre étude, la majorité des infections causées par ce pathogène émergent est survenue chez des adultes en bonne santé, principalement en ambulatoire. Presque la moitié n’avait pas de comorbidité significative, bien qu’un tiers des patients avaient subi un traumatisme récent ou une intervention chirurgicale Seul% a reçu un diagnostic de diabète sucré sous-jacent, ce qui contraste avec d’autres études L’atteinte cutanée était majoritairement le site le plus fréquent de l’infection à S lugdunensis [%] confirmé par d’autres rapports Bien que d’autres études aient documenté une prévalence plus élevée du portage inguinal et de l’infection de la ceinture pelvienne , la prévalence des infections au-dessus de la taille dépassait celles documentées sous la taille% vs% dans l’étude actuelle. des abcès mammaires non puerpéraux, qui sont relativement rares Tous les cas concernaient des femelles non gravides et non lactantes. t les infections ont été documentées en% de; Dans la présente étude, un seul cas était associé à une furonculose diffuse, mais les autres cas présentaient une atteinte mammaire isolée. Enfin, les infections intravasculaires S lugdunensis agressives n’étaient pas documentées dans la série actuelle. soulignent la tendance de S lugdunensis à provoquer des infections cliniques agressives [,,], une analyse rétrospective par Ebright et al suggère que la plupart des cas de bactériémie étaient de courte durée et n’étaient pas clairement liés à la maladie clinique. Selon nos données, une identification précise de S lugdunensis à partir des sites corporels stériles et des plaies est facilement réalisée en utilisant d’abord le pyrrolidonyl. test d’arylamidase et, s’il est positif, g essai d’ornithine décarboxylase sur des isolats de CoNS Notre étude a également révélé plusieurs facteurs épidémiologiques importants de ce pathogène, y compris sa prédilection pour provoquer des infections des tissus mous et de la peau chez des adultes en bonne santé.

Remerciements

Nous remercions le personnel du laboratoire de microbiologie clinique pour son aide à soutenir cette enquête. Soutien financier Institut national des allergies et des maladies infectieuses Subvention du service de santé publique ROAI aux conflits d’intérêts potentiels GLAP a siégé au conseil scientifique de Cubist Pharmaceuticals Tous les autres auteurs: non conflits